本所碩士班招收一般大學或獨立學院之學士就讀。入學考試方式有推薦甄試及一般入學二種,前者考試項目包含口試及資料審查,後者則為筆試。學生進入本所碩士班就讀後,修課方面將可修讀到科學教育研究領域之科學與社會、認知與科學學習、課程、教學與評量及數位學習等研究領域之課程外,尚須修習研究方法學課程及至本校理學院各系所修讀部份科學科目學分,以期學生能獲得科學教育研究領域全方位的知識。本所碩士修業規定學生須完成碩士論文計畫書發表審查,始得申請學位口試。本所規劃碩士班完整的修課學分規定及修業辦法,以培育具科學教育素養並精熟於科學教學之人才,提昇中小學及技職學校科學教師的科學教育素養及培養跨領域的學養,以因應教育相關產業的人才需求。本所碩士班畢業生服務於中小學校及公民營機構等,亦可選擇繼續升學。
本所博士班主要招收具大學主修理、工、醫、農等背景的一般大學或獨立學院畢業之碩士就讀。考試項目包含口試及資料審查。學生進入本所博士班就讀後,修課方面將可修讀到科學教育研究領域之科學與社會、認知與科學學習、課程、教學與評量及數位學習等研究領域之課程外,尚須修習研究方法學課程及至本校理學院各系所修讀部份科學科目學分,以期學生能獲得科學教育研究領域全方位的知識。並且本所博士班要求每位博士生的博士論文口試前須有出國參加國際研討會、發表期刊及研討會論文、通過英文檢定考試、具至少1年與數理科目相關的工作經驗、通過博士候選人資格考試、公開發表博士論文計畫書等修業規定,期能培育具有高深學術素養之科學教育研究人才、大專院校科學課程及科學教育課程之師資、及數理通識教育人才。目前本所博士班畢業生任職於國內各大專院校、研究機構及中等學校教師。
另外,本所碩士生亦可申請逕讀本所博士班,考試項目為口試及資料審查。